Муниципальное общеобразовательное учреждение «Гимназия «Исток» создано на основе средней школы № 27 г. Новгорода, открытой в 1979 году. С первых лет своего существования школа развивалась как педагогическая среда, сочетающая в себе основные направления советской школы 80-х годов: сочетание технократического и гуманитарного подходов к развитию личности ребенка. С 1992 года сформирована многопрофильная школа с углубленным изучением ряда предметов, основанная на принципах комплексного развития и дифференцированного обучения.

Экспериментальный школьный комплекс «Исток» функционировал на базе школы № 27 с 1992 года как единый блок учебных заведений, отражающих различные ступени и уровни образования, содержательно и структурно взаимосвязанных, обеспечивающих преемственность учебно-воспитательного процесса и получение полного среднего образования. В течение 4 лет в Комплексе проводился многоплановый эксперимент по теме «Апробация разноуровневой системы образования, обращенной к историко-культурному наследию Новгородского края в условиях школы-комплекса», в ходе которого разрабатывались многообразные педагогические подходы:

• к выбору содержания образования с учетом его многовариантности;
• к использованию различных форм и методов на различных ступенях и уровнях обучения;
• к обеспечению целостного видения детьми сложных проблем современного мира через комплексное применение знаний и интеграцию отдельных дисциплин;
• к организации поисковой и исследовательской деятельности учащихся, направленной на создание самостоятельного творческого продукта, прежде всего через реализацию «метода проектов»;
• к осуществлению воспитательной модели, сочетающей гражданско-патриотическое воспитание на основе российских культурно-исторических и общечеловеческих ценностей;
• к созданию управленческих структур, соответствующих многоступенчатой системе образования.

При сложившейся в Комплексе разноуровневой системы образования укрепились классы продвинутого уровня, удовлетворяющие образовательные потребности детей, наиболее развитых в интеллектуальном отношении, проявляющих склонность к поиску нестандартных путей решения задач в различных сферах деятельности. В данных классах удалось создать своеобразное развивающее пространство, обеспечивающее наилучшие условия для раскрытия творческого потенциала личности ребенка, способного к интенсивному интеллектуальному труду. Это позволило говорить о необходимости содержательного обособления и структурно-функционального оформления в виде гимназического ядра учебно-экспериментального комплекса.

Четыре года работы школы в условиях эксперимента показали правильность выбранного пути, определили реальный подход к формированию гимназического ядра в школе-комплексе. Педагогический коллектив школы в 1996 году вышел в экспертный совет с обоснованием создания в комплексе гимназии, исходя из реальности сегодняшних дней, возросших требований к универсальности знаний, необходимости подъема уровня духовной культуры учащихся, социального заказа родителей и учащихся.

В 1996 году школа-комплекс получила новый статус «Многопрофильная гимназия «Исток» с общеобразовательными классами» и вступила в следующий период своего развития.

В 1998 году во время аттестации и государственной аккредитации гимназия подтвердила полученный статус.